Magnéto, maître du magnétisme est de retour et il est plus que jamais décidé à en finir avec l’humanité. Les X-Men, qui avaient dissimulé Magnéto aux autorités parce qu’ils pensaient qu’il était capable de changer, sont tenus pour responsables de toutes les atrocités qu’il commet ! Sur la trace de Magnéto et des X-Men, les Ultimates constituent la première ligne de défense contre la menace que sont pour l’humanité les êtres dotés de super-pouvoirs. Et de leur côté, les X-Men mènent leur propre enquête afin de retrouver le maître du magnétisme et prouver au monde qu’ils ne sont pas de mèche avec le terroriste. L’affrontement qui a opposé les deux équipes n’a pas été décisif et aucune des deux ne peut revendiquer la victoire. Quelques X-Men ont réussi à prendre la fuite, ce qui n’est pas le cas de leur leader et professeur, Charles Xavier. Le S.H.I.E.L.D. s’apprête à les transférer lui et l’ex-membre de l’Arme X, Diablo vers le camp Facteur-X, nouveau centre de détention situé à Cuba et spécialement conçu pour y enfermer les mutants terroristes. Magnéto, lui, est très occupé dans sa citadelle du Cercle Arctique, où il est en train de construire un appareil capable d’amplifier ses pouvoirs sur le magnétisme. Tandis que Xavier attend son transfert, Magnéto lui apparaît sous la fome d’un hologramme et lui révèle qu’il cherche depuis le début à le séparer de ses X-Men. Effrayés et livrés à eux-mêmes, les X-Men sont maintenant mûrs pour être récupérés par Magnéto…