Alors qu'il visite une exposition florale avec Bunny (Usagi Tsukino), Bourdu (Mamoru Chiba) croise Fiore, un ami d'enfance qu'il avait perdu de vue. Peu de temps après cette rencontre, la ville subit l'assaut de créatures mi-fleurs, mi-démons et Fiore ne semble pas étranger à cette attaque. Le jeune garçon est en effet sous le contrôle maléfique d'une fleur de Xenia, qu'il porte à son veston. Bunny et ses amies vont à nouveau devoir revêtir leurs uniformes de guerrières de la Lune afin de sauver Bourdu et son ami et éradiquer le péril qui menace la Terre entière.

C'est la rentrée au club de basket-ball du lycée Seirin et cette année, deux rookies se démarquent... D'un côté, l'impétueux Taiga Kagami, fraîchement revenu des États-Unis où il a fait ses armes sous les arceaux. De l'autre, le chétif et très effacé Tetsuya Kuroko dont on murmure qu'il a pourtant fait partie de la légendaire Génération Miracle et serait capable de sortir de véritables coups de génie... Ces deux joueurs que tout oppose vont devoir se compléter sur le terrain et mettre le feu aux playgrounds afin de mener Seirin vers les sommets du championnat !

Après avoir remporté le tournoi, l'équipe de Seirin se rend dans un restaurant local et retrouve de vieilles connaissances et quelques rivaux qu'ils viennent de battre. Trois joueurs de la Génération Miracle sont réunis à la même table  : Kise, Midorima et Kuroko. Midorima donne alors à Kagami un avertissement sur le 4e membre de la Génération Miracle. Kuroko, lui, trouve un chien qu'il adopte et que l'équipe va baptiser Tetsuya Junior. Seirin commence son entraînement pour le prochain tournoi quand Kagami est approché par Daiki Aomine, le fameux 4e membre de la Génération Miracle, tandis que Kuroko retrouve une amie de longue date, Satsuki Momoi.

Le futur. La Terre étant surpeuplée, les scientifiques cherchent à coloniser Mars. Les seuls organismes vivants et suffisamment endurants pour survivre aux conditions de vie difficiles sur Mars sont les cafards, ceux-ci sont alors déposés sur la Planète Rouge. 500 ans plus tard, un virus extraterrestre décime peu à peu la population sur Terre et il n'existe aucun traitement pour guérir cette maladie extrêmement contagieuse. La sauvegarde de l'espèce humaine est en jeu et le seul moyen d'étudier le virus, et de pouvoir y trouver un remède, est de partir sur la planète Mars pour y recueillir des échantillons. Seulement, il ne s'agit pas d'une banale mission spatiale car la planète Mars est maintenant infestée de cafards géants extrêmement développés et qui considèrent l'espèce humaine comme un envahisseur importun. Et si finalement l'homme n'était pas l'espèce la plus évoluée ?

Le futur. La Terre étant surpeuplée, les scientifiques cherchent à coloniser Mars. Les seuls organismes vivants et suffisamment endurants pour survivre aux conditions de vie difficiles sur Mars sont les cafards, ceux-ci sont alors déposés sur la Planète Rouge. 500 ans plus tard, un virus extraterrestre décime peu à peu la population sur Terre et il n'existe aucun traitement pour guérir cette maladie extrêmement contagieuse. La sauvegarde de l'espèce humaine est en jeu et le seul moyen d'étudier le virus, et de pouvoir y trouver un remède, est de partir sur la planète Mars pour y recueillir des échantillons. Seulement, il ne s'agit pas d'une banale mission spatiale car la planète Mars est maintenant infestée de cafards géants extrêmement développés et qui considèrent l'espèce humaine comme un envahisseur importun. Et si finalement l'homme n'était pas l'espèce la plus évoluée ?