Les Tortues Ninja en ont assez du mauvais caractère de Raphael ! À cause de lui, les frères se sont fait surprendre par un homme qui a eu l'idée de les filmer avec son téléphone. Les ninjas doivent maintenant récupérer la vidéo sous peine d'être démasqués. Et, pour y parvenir, Raphael va devoir apprendre à se maîtriser !
Benjamin est toujours le nouveau du lycée, celui qu'on ne remarque pas. Il se fond dans le décor, se fait de nouveaux amis, il observe. Mais cela ne dure jamais. Juste le temps d'atteindre sa cible et d'accomplir sa mission, selon les ordres qui lui sont donnés par téléphone par une mystérieuse Agence. Le jour où il doit éliminer le maire de New York, tout change car, imperceptiblement, Benjamin modifie les règles du jeu, en sentant ses émotions affleurer. Il se rapproche dangereusement de Sam, la fille du maire, sans savoir qu'elle aussi est en mission, sans savoir que son humanité naissante est sa pire ennemie.