Le Premier Lycée de Magie est attaqué par Blanche, une organisation anti-magie. Pour protéger son quotidien et celui de Miyuki, Tatsuya décide de se battre. Lui et ses amis pénètrent dans la base secrète de Blanche. Dans la bataille finale, il fera démonstration de son « pouvoir hors- norme » !
Sayaka et ses camarades crient à l’abolition des discriminations qui sévissent dans le Premier Lycée. Tatsuya perçoit sous cette colère l’influence d’une organisation extrémiste. Comprenant que le problème ne doit pas être pris à la légère, le conseil des élèves décide d’apaiser les tensions. Mais ces dernières ne semblent pas se cantonner aux élèves de l’école.
Peu après la rentrée scolaire au Premier Lycée, les premiers troubles pointent le bout de leur nez. Dans la fratrie Shiba, Miyuki, la petite sœur, représentante des nouveaux lycéens, est devenue membre du conseil des élèves. De son côté, son frère aîné, Tatsuya, devient la première Graine à intégrer le comité de discipline après avoir montré des capacités que l’école ne mesure normalement pas...
Cela fait près d'un siècle que la magie est une technologie bien ancrée dans la réalité. Les lycées rattachés à l'Université nationale de Magie sont appelés lycées de Magie. Dans ces établissements, les élèves sont répartis entre deux cursus : le Premier où se trouvent les bons élèves qu'on surnomme Fleurs, et le Second où sont relégués les remplaçants, Graines. C'est dans un de ces lycées que se sont inscrits un frère et une soeur.Lui est un élève médiocre et franc-tireur. Elle, une élève brillante et parfaite. Alors qu'ils ne rêvent que d'une scolarité sans histoire, les conspirations et les menaces pesant sur l'académie les forceront à agir !