Alors qu'Osamu et Yûma poursuivent leur entraînement, le combat s'engage entre les agents de la Tamakoma, aidés de l'unité Miwa, et ceux de la branche centrale. Face à son ancien rival, Jin se voit contraint d'utiliser Fûjin, son Black Trigger. La tension monte entre les deux factions et une bataille au sommet s'annonce...
L'assaut mené par l'armée de Galopoula contre la Centrale du Border semble sur le point d'être repoussé. Hüs, qui a réussi à s'échapper dans des circonstances étranges, demande à Regi de l'aider à rejoindre Aftokrator, mais le jeune guerrier a reçu des consignes bien différentes. Quand Yôtarô entre à son tour en scène, le jeu de dupe prend un tour dramatique.
Dans ce shônen détonant, mêlant l'univers traditionnel des shinobi à la modernité d'un Tokyo futuriste, on suit avec plaisir les aventures de Jin et de son squad. Une association entre techniques ancestrales et nouvelles technologies réussie pour ce titre d'action issu du célèbre Weekly Shônen Jump Magazine et qui brille par son inspiration «comics» !Tokyo Shinobi Squad se démarque des autres titres du Weekly Shônen Jump Maga- zine par son univers atypique, et notamment ses décors. Tel un Gotham City, le Tokyo de 2049 s'impose comme une toile de fond fascinante pour accueillir les péripéties des héros. La ville prend une place centrale dans le récit. Malfrats, terroristes et sociétés du crime y prospèrent.