La 4ème saison débute avec la mère de Mulder échappant de peur à la mort et l'assassinat du mystérieux X. Le retour d'Alex Krycek et de l'huile noire extra-terrestre sont éclipsés par le cancer de Scully. Puis la réapparition tragique de Max Fenig conduit à la mort d'un agent du FBI. Et alors que ces évènements renforcent la conviction de Mulder qu'une conspiration grandit, une vérité effrayante divulguée à Scully le plonge dans une crise de confiance qui pourrait bien le conduire définitivement à sa perte.