En 1949, Kevin Yamagata, dessinateur américain né de parents japonais immigrés aux États-Unis, connaît un succès formidable avec sa bande dessinée Billy Bat mettant en scène une chauve-souris dans diverses aventures.Lorsqu'il apprend de façon fortuite qu'un personnage identique au sien existe aussi au Japon, il décide de se rendre à Tokyo pour rencontrer le dessinateur à qui il a peut-être inconsciemment volé l'idée durant son service en tant qu'interprète dans l'armée d'occupation du Japon.Une fois sur place, il est rapidement happé par une spirale d'événements curieux qui ont pour dénominateur commun le motif de la chauve-souris…
Tandis que Kevin se démène pour tenter de déjouer la tentative d'assassinat du président Kennedy, Oswald, de son côté, est chargé par la chauve-souris de protéger la vie, non pas de JFK, mais de Kevin. C'est ainsi que les destins des deux hommes vont se croiser...
Gon, le curieux petit T-rex, se lance dans une grande aventure souterraine ! Accompagné de ses amis, il explore une vaste grotte aussi belle qu'effrayante. Car au milieu des chauves-souris et des cloportes se terre une monstrueuse araignée ! Mais Gon est bien décidé à protéger les plus faibles...
1922. Einstein, en visite au Japon, fait la connaissance du jeune Zôfu conteur de kaimihibai, un théâtre de papier. Deux ans auparavant, Zôfu, lui, rencontrait un assassin portant sur le torse un tatouage de chauve-souris… C’est évidemment elle le dénominateur commun entre l’artiste de kamishibai et le criminel !
États-Unis, début des années 60.Kevin Yamagata, le dessinateur de Billy Bat, n'est plus que l'ombre de lui-même. Il s'est réfugié dans l'alcool pour échapper aux apparitions de la chauve-souris qui le harcèle et le pousse à dessiner des choses qui le dépassent : manipulé par un groupe de conspirateurs, un mystérieux Oswald serait sur le point d'assassiner le président.
De retour aux États-Unis après six mois passés au Japon, Kevin Yamagata a la fâcheuse surprise de découvrir que Billy Bat, le personnage de BD qu'il a créé, ne lui appartient plus : les droits de la série sont désormais à Chuck Culkin, son ancien assistant ! Mais la chauve-souris continue à lui apparaître pour lui faire le récit des terribles événements à survenir...
Kevin Yamagata et l'agent Smith sont en alerte : la date fatidique de l'assassinant du président approche à grands pas, et alors qu'ils pensaient avoir déjoué le complot, ils apprennent qu'Oswald est retourné à Dallas. Les pièces du puzzle s'emboîtent progressivement, au fur et à mesure que les différents protagonistes croisés dans les volumes précédents se rencontrent... Mais quels sont véritablement les desseins de la chauve-souris ?
Japon, XVIe siècle. Kanbei, le ninja le plus rapide de la province d'Iga, a été chargé par le seigneur Momochi de remettre un mystérieux rouleau à son fils se trouvant dans la province de Kii. Pourchassé par les amis d'enfance aux côtés desquels il a appris l'art shinobi, et tourmenté à la fois par des réminiscences du passé et les apparitions d'une énigmatique chauve-souris, parviendra-t-il à empêcher le précieux document de tomber entre de mauvaises mains ?
À l'orée des années 90, le décès du mystérieux homme à la tête de l'empire Culkin Enterprises marque le début de nombreux changements pour tous les personnages qui sont dans le sillage de la chauve-souris, à commencer par Kevin Goodman. Alors que le jeune dessinateur pensait avoir réussi à juguler la catastrophe en modifiant l'histoire de Kurusu, Billy surgit pour l'avertir que la Terre court toujours un danger qui semble plus inexorable que jamais.
Alors qu'il est en cavale suite à la mort de Charlie Ishizuka , Kevin réalise peu à peu que les bandes-dessinées de maître Zôfu semblent annoncer l'avenir… Il a une vision étonnamment réaliste de son personnage, Billy Bat, qui lui annonce que son rôle est de dessiner la suite des aventures, car lui seul peutenrayer le cours des événements . Mais quelle est la nature de cette inquiétante chauve-souris dont l'on entrevoit l'ombre planer sur toute l'histoire de l'humanité, de la trahison de Judas jusqu'à l'Amérique de la fin des années 60, en passant par le Japon du XVIe siècle et ses ninjas ?