Le porte-avions Charles de Gaulle est toujours en mer de Chine, à la recherche des pirates qui ont dérobé la cargaison de plutonium et qui semblent détenir Hannah Bergson. Tout le monde est sur le pied de guerre, d'autant qu'un typhon se prépare.
Naruto, Sakura et Shikamaru sont attaqués par de puissants guerriers menés par un mystérieux chevalier : Temujin. Après un combat acharné contre ce dernier, Naruto, séparé du reste de l'équipe rencontre une communauté idéaliste en quête de la Pierre de Guelel. Naruto qui ignore tout de ce joyau légendaire ne va pas tarder à découvrir qu'il renferme un incommensurable pouvoir...
Martin est un lycéen tout à fait normal. Enfin, presque... La matière qui le passionne : le Slime Il est aussi l'agent spécial préféré de M.O.M., la directrice du Centre, organisation secrète spécialisée dans les études des phénomènes étranges aux quatre coins de la planète. Billy l'extraterrestre, Java l'homme des cavernes et Diana la demi-soeur de Martin ne seront pas de trop pour l'aider à mener à bien ses missions et découvrir les mystères et les créatures les plus effrayantes ! A condition de ne pas se retrouver englués par Martin sous des tonnes de slimes...
Au cours d’une mission, l’équipe de Naruto, Sakura et Saï, encadrée par Yamato, doit se rendre au Pays du Vent, dans les ruines de la ville de Rôran. Là-bas, ils doivent protéger le sceau enfermant la source des pouvoirs de Mukade. C’est alors que notre héros se retrouve aspiré dans le passé. Il y rencontre Sâra, reine de Rôran ainsi que de mystérieux ninjas originaires de Konoha. L’un d’eux ressemblant étrangement au Quatrième Hokage… Ils lui apprennent que Mukade est arrivé ici six ans avant lui et qu’il n’est autre que le conseiller de la reine. La seule solution pour que Naruto puisse revenir dans le présent est de le vaincre. Mais il n’y arrivera pas tout seul…