Fox Mulder a été semble t-il kidnappé par des aliens à la fin de la saison précédente. Mais le bureau des affaires non classés reste ouvert. Dana Scully, désormais enceinte, trouve un nouvel partenaire de choc : l'agent John Doggett. Réussiront-ils à retrouver les traces de Mulder ?
Jenna, serveuse favorite chez Joe's Diner, est aussi appréciée des clients pour son gracieux sourire que pour ses succulentes tartes. Moins heureuse en amour, Jenna est affligée d'un mari comme on n'en fait presque plus : Earl. Un beau matin, Jenna découvre avec horreur qu'elle est tombée enceinte de cet homme. Elle se rend alors chez le nouveau gynécologue de sa petite ville, le timide et charmant Docteur Pomatter... dont elle tombe immédiatement amoureuse. S'ensuit une liaison torride, qui compliquera encore un peu plus sa vie. Au fill des semaines, le ventre de la jolie serveuse s'arrondit, et une subtile métamorphose s'opère en elle sous le regard complice de ses collègues et amies Becky et Dawn et de son vieux patron, Joe. Jenna se découvre des ressources insoupçonnées, un courage, des aptitudes et une faculté de résistance qu'elle ne se connaissait pas. Sa vie semble désormais avoir un sens.
Juno McGuff, 16 ans, est une jeune fille qui n'a pas la langue dans sa poche mais qui, sous ses airs de dure, se cherche comme toutes les adolescentes de son âge. Alors que la plupart de ses copines de lycée passent leur temps sur Internet ou au centre commercial, Juno ne fait rien comme les autres. C'est ainsi qu'un jour où elle s'ennuie, elle couche avec Bleeker, garçon aussi charmant que peu prétentieux. Mais quand elle tombe enceinte accidentellement, elle décide de trouver le couple de parents adoptifs idéal qui pourra s'occuper de son bébé. Avec l'aidede sa meilleure amie Leah, elle repère dans les petites annonces du journal local Mark et Vanessa Loring qui rêvent d'adopter leur premier enfant. Soutenue par sa famille, Juno fait la connaissance des Loring. Tandis que le terme de sa grossesse approche, Juno va devoir faire preuve de maturité et de courage...