Sur Terre et sur Mars, les extraterrestres ont laissé des traces de leur passage et l'humanité, qui se sent menacée est prête à tout pour fermer la colonie martienne. Lors d'une expédition dans les grottes de verre, James Faggan, le père de Carl et d'Elinn est retrouvé vivant. Il révèle que des aliens, les Falaniens, se sont sacrifiés un million d'années auparavant pour sauver les hommes.
Depuis la découverte des tours bleues, vestiges d'une civilisation extraterrestre inconnue, le projet Mars a été réactivé. Des scientifiques de tous les pays gagnent la planète rouge pour élucider ce mystère. Les travaux d'extension plongent la cité martienne dans l'effervescence. Pour Ariana, Carl, Elinn et Ronny, les désormais célèbres enfants de Mars, un intrus s'est glissé parmi les nouveaux venus : Urs Pigrato, le fils de l'antipathique administrateur de la cité. Que faire de lui ? Il y a pourtant une menace autrement inquiétante : certain personnage fraîchement débarqué pourrait bien mettre un terme à l'aventure martienne, et de la façon la plus radicale...
Qu’est-ce qu’ils avaient tous à vouloir lui farcir la tête d’histoire, de géographie ou encore – pouah ! – de littérature, alors qu’il n’aspirait qu’à naviguer comme sa soeur ? Jonas, douze ans, rêve d’aventures, de combats et de trésors… et déteste les leçons données par son père, Aristide. Quant à sa sœur, Alexia, qui a si hardiment défié les préjugés jusqu’à devenir flibustière, elle lui interdit les armes et lui refuse même de monter à bord de l’Eléonore comme mousse. Aussi, le jour où il reçoit une punition qu'il estime injuste, Jonas s’enfuit de l’île de la Tortue et gagne Saint-Domingue, où il trouve à s’embarquer pour Cuba. Hélas pour lui, le capitaine Mirliflor est un trafiquant d’enfants sans scrupule. Alexia vole au secours son frère, mais la guerre qui se profile à l'horizon en Louisiane et dans la Caraïbe de 1809 entre Français et Espagnols les sépare à nouveau, et la voici entraînée bien malgré elle dans le conflit…